Tärkein ero E. colin ja Pseudomonas aeruginosan välillä on se, että E. coli on fakultatiivinen anaerobinen bakteerilaji, joka kuuluu Enterobacteriaceae-perheeseen ja Escherichia-sukuun, kun taas P. aeruginosa on aerobinen bakteerilaji, joka kuuluu Pseudomonadadaceae-sukuun ja Pseudomonas-sukuun.
Sekä E. coli että Pseudomonas aeruginosa ovat gram-negatiivisia, sauvan muotoisia ja liikkuvia bakteereja. Lisäksi ne ovat kapseloituja bakteereja. Mutta E. coli on Escherichia-suvun laji, kun taas P. aeruginosa on Pseudomonas-suvun laji.
