Tärkein ero endosymbioosin ja invaginaation välillä on se, että endosymbioosi on teoria, joka selittää mitokondrioiden ja kloroplastien alkuperän eukaryoottisolun sisällä, kun taas invaginaatio on prosessi, joka selittää ytimen ja muiden soluelementtien alkuperän muodostamalla invasiivisuutta plasmasta kalvo solun sisäpuolelle.
Tutkijat uskovat, että eukaryoottisolut ovat kehittyneet prokaryoottisoluista. He ovat kehittäneet monia teorioita selittääkseen, miten tämä kehitys on tapahtunut. Endosymbioosi on yksi sellainen teoria, joka selittää mitokondrioiden ja kloroplastin alkuperän eukaryoottisolujen sisällä prokaryoottisista bakteereista. Invaginaatio on prosessi, joka selittää ytimen ja muiden kalvoon sitoutuneiden organellien alkuperän eukaryoottisen solun sisällä.
