Tärkein ero endosymbioosin ja symbioosin välillä on se, että endosymbioosi on teoria, joka kuvaa kuinka mitokondriot ja kloroplastit tulivat eukaryoottisiin soluihin, kun taas symbioosi on pitkäaikainen vuorovaikutus kahden eri elävän lajin välillä.
Ekosysteemin organismit ovat vuorovaikutuksessa keskenään eri tavoin. Symbioosi on vuorovaikutus, joka esiintyy kahden eri yhdessä elävän lajin välillä. Jotkut vuorovaikutukset hyödyttävät molempia osapuolia, kun taas jotkut vuorovaikutukset pysyvät neutraaleina. Jotkut muut vuorovaikutukset ovat kuitenkin haitallisia yhdelle osapuolelle, erityisesti isäntäorganismille, kun taas toinen osapuoli saa etuja isännän kustannuksella. Voimme nähdä kaikki nämä vuorovaikutustyypit ekosysteemissä. Tällaiset vuorovaikutukset ovat kuitenkin elintärkeitä ekosysteemin vakaudelle. Endosymbioosi on toisaalta teoria, joka selittää eukaryoottisen solun alkuperän prokaryoottisesta solusta.
