Keskeinen ero suoran ja epäsuoran immunofluoresenssin välillä on, että suorassa immunofluoresenssissa käytetään yhtä vasta-ainetta, joka toimii kiinnostavaa kohdetta vastaan, kun taas epäsuora immunofluoresenssi käyttää kahta vasta-ainetta kiinnostavan kohteen leimaamiseen.
Immunofluoresenssi tai solukuvantaminen on tekniikka, jota käytetään leimaamaan tietty kohdeantigeeni fluoroforilla. Tässä fluorifori on fluoresoiva kemiallinen yhdiste, joka voi lähettää valoa uudelleen valoa herätettäessä. Kun fluorofori sitoutuu kohdeantigeeniin, se mahdollistaa kohdemolekyylin havaitsemisen näytteessä. Sen kuvaamiseksi edelleen, kun antigeeni sitoutuu spesifiseen vasta-aineeseen, se voidaan konjugoida fluoroforien kanssa. Näin ollen kohdeantigeenin läsnäolo näytteessä on helppo havaita tarkkailemalla fluoresenssimikroskoopilla.
Lisäksi on olemassa kahden tyyppisiä immunofluoresensseja; suora ja epäsuora immunofluoresenssi. Suora ja epäsuora immunofluoresenssi eroavat pääasiassa käytettyjen vasta-aineiden määrässä ja fluoroforikonjugaatiossa. Toisin sanoen suorassa immunofluoresenssissa fluorofori konjugoituu suoraan primaariseen vasta-aineeseen, kun taas epäsuorassa immunofluoresenssissa fluorofori konjugaatti sekundäärisen vasta-aineen kanssa.
