Tärkein ero - Exome vs. RNA-sekvensointi
Nukleiinihapposekvensointi on tekniikka, joka määrittää nukleotidien järjestyksen tietyssä organismin DNA- tai RNA-fragmentissa. Sekvensointi on tärkeää tunnistettaessa solun DNA- ja RNA-meikki ja eroteltaessa tiettyjä funktionaalisia proteiineja koodaavia geenejä; siten sekvensointia voidaan käyttää ymmärtämään näiden geenien mutaatiot ja geeniekspressiot. Sanger-sekvensointimenetelmä tai edistyneemmät seuraavan sukupolven sekvensointimenetelmät ovat yleisesti käytettyjä sekvensointimenetelmiä. Exome-sekvensointi on organismin läsnä olevien eksonien tai koodaavien DNA-alueiden täydellisen sarjan sekvensointi, kun taas RNA-sekvensointi on ribonukleiinihappojen (RNA) sekvensointimenettely. Tämä on keskeinen ero eksomin ja RNA-sekvensoinnin välillä.
SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeinen ero
2. Mikä on Exome-sekvensointi
3. Mikä on RNA-sekvensointi
4. Exome- ja RNA-sekvensointien yhtäläisyydet
5. Rinnakkainen vertailu - Exome vs RNA-sekvensointi taulukkomuodossa
6. Yhteenveto
Mikä on Exome-sekvensointi?
Exome on genomin osajoukko, joka koostuu tietyn organismin koodaavista geeneistä. Koodaavat geenit nimetään eksoneiksi, ja ne transkriptoidaan mRNA: ksi ja sitten transloidaan aminohapposekvensseiksi. Transkription jälkeisten modifikaatioiden aikana RNA-silmukointimekanismi eukaryooteissa poistaa intronit (ei koodaavat alueet), ja eksonit jäävät. Exome-sekvensointi tapahtuu kahdella päämenetelmällä: ratkaisupohjainen ja matriisipohjainen.
Liuospohjaisessa eksomisekvensoinnissa DNA-näytteet fragmentoidaan joko restriktioentsyymeillä tai mekaanisella menetelmällä ja denaturoidaan lämmöllä. Tässä tekniikassa käytetään biotinyloituja oligonukleotidikoettimia (syöttejä) hybridisoitumiseen selektiivisesti genomin kohdealueiden kanssa. Magneettisia streptavidiinihelmiä käytetään sitoutumisvaiheessa. Sitoutumista seuraa pesuvaihe, jossa sitoutumattomat ja kohdistamattomat sekvenssit pestään pois. Sitoutuneet kohteet monistetaan sitten käyttämällä polymeraasiketjureaktiota (PCR) ja sitten sekvensoidaan Sanger-sekvensointi- tai seuraavan sukupolven sekvensointitekniikoilla.
Kuva 01: Exome-sekvensointi
Ryhmäpohjainen menetelmä on myös samanlainen kuin liuospohjainen menetelmä, paitsi että DNA-fragmentit siepataan mikroryhmään, ja sitten sitoutumis- ja pesuvaiheet seuraavat ennen sekvensointia.
Exome-sekvensointia käytetään monissa sovelluksissa, kuten sairauksien geneettisessä diagnosoinnissa, geeniterapiassa, uusien geneettisten markkereiden tunnistamisessa, maataloudessa erilaisten hyödyllisten agronomisten ominaisuuksien tunnistamiseksi ja kasvinjalostustoimenpiteissä.
Mikä on RNA-sekvensointi?
RNA-sekvensointi perustuu transkriptiin, joka on solun täydelliset transkriptiot. RNA-sekvensoinnin päätavoitteet on luetteloida kaikki transkriptiolajit, mukaan lukien mRNA, koodaamaton RNA ja pieni RNA, geenien transkriptiorakenteen määrittämiseksi ja kunkin transkription ekspressiotasojen kvantifioimiseksi kehityksen aikana. RNA-sekvensoinnin aikana sekvensointiin käytettiin aluksi hybridisaatiotekniikoita (jotka olivat komplementaarista DNA: ta, jotka olivat peräisin kypsistä mRNA-sekvensseistä). Tällä hetkellä RNA-sekvensointiin käytetään tarkempaa ja edistyneempää läpivientitekniikkaa.
Kuva 02: RNA-sekvensointi
RNA-sekvensoinnissa näyte RNA: sta, joka voi olla kokonais-RNA tai fraktioitu RNA, muunnetaan komplementaariseksi DNA: ksi (cDNA) käänteiskopiointia käyttäen ja valmistetaan cDNA-kirjasto. Jokainen cDNA-fragmentti on kiinnitetty adaptereihin molemmin puolin (parin pään sekvensointi) tai toisella puolella (yhden pään sekvensointi). Nämä koodatut sekvenssit sekvensoidaan käyttämällä Sanger-sekvensointia tai seuraavaa sukupolvea, kuten exome-sekvensointi.
Mitä yhtäläisyyksiä Exome ja RNA-sekvensointi ovat?
- Lyhyesti valittuja fragmentteja tai koko DNA / RNA-sarjaa voidaan käyttää Exome- tai RNA-sekvensointiin.
- Jaksotetut fragmentit säilytetään kirjastoissa.
- Sanger-sekvensointia tai Next Generation-sekvensointia voidaan käyttää.
- Molemmat ovat in vitro -sekvensointimenetelmiä.
- Sekvensoidut fragmentit voidaan määrittää fluoresoivilla leimoilla.
Mikä on ero Exome- ja RNA-sekvensointien välillä?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
Exome vs RNA-sekvensointi |
|
| Exome-sekvensointi on organismin läsnä olevien eksonien tai koodaavien DNA-alueiden täydellisen sarjan sekvensointi. | RNA-sekvensointi viittaa ribonukleiinihappojen (RNA) sekvensointimenettelyyn; transkriptio. |
| Aloitetaan näyte | |
| Genominen DNA on eksomisekvensoinnin lähtönäyte. | RNA on RNA-sekvensoinnin lähtönäyte. |
| Sävellys | |
| Tämä sisältää vain koodaavia alueita kokonais-DNA: sta, joka tunnetaan nimellä Exons | Tämä sisältää RNA-mRNA / transkriptoomia. |
| Jaksotus | |
| Eksomin sekvensointiin on kaksi päämenetelmää; ratkaisupohjaiset ja matriisipohjaiset tekniikat. | RNA: n sekvensointi tehdään valmistamalla cDNA-kirjasto uuttamalla kokonais-RNA tai fragmentoitu RNA. |
Yhteenveto - Exome vs RNA-sekvensointi
Exome on organismin koodaavien alueiden täydellinen joukko, ja Exomen tarkan nukleotidijärjestyksen määrittämiseen osallistuvat tekniikat tunnetaan nimellä exomien sekvensointi. RNA-sekvensointi on tekniikka, joka liittyy organismin RNA: n nukleotidijärjestyksen määrittämiseen. Tämä on ero eksomin ja RNA-sekvensoinnin välillä.
Lataa PDF-versio Exome vs RNA-sekvensoinnista
Voit ladata tämän artikkelin PDF-version ja käyttää sitä offline-tarkoituksiin lainausviestin mukaan. Lataa PDF-versio täältä Ero Exome- ja RNA-sekvensointien välillä
