Tärkein ero - Exome vs Transcriptome
Geeni sisältää koodaavia ja ei-koodaavia alueita siinä. Koodaavat sekvenssit tunnetaan eksoneina ja ei-koodaavat sekvenssit tunnetaan introneina. Geenin eksonien nukleotidisekvenssi edustaa geenin geneettistä koodia spesifisen proteiinin syntetisoimiseksi. Siksi eksonit jäävät mRNA-molekyyliin. Genomin koko eksonialue tunnetaan eksomina, ja se on tärkeä osa genomia. Geenien geneettinen koodi muunnetaan mRNA-molekyylin geneettiseksi koodiksi, jota tarvitaan proteiinin tuottamiseen. Koko mRNA-molekyyli, joka on transkriptoitu solussa tai solupopulaatiossa kerrallaan, tunnetaan transkriptointina. Tärkein ero eksomin ja transkription välillä on se, että eksomi edustaa genomin eksonialueiden sekvenssejä, kun taas transkripti edustaa solun tai kudoksen kokonais-mRNA: ta tiettynä ajankohtana.
SISÄLLYSLUETTELO
1. Yleiskatsaus ja keskeinen ero
2. Mikä on Exome
3. Mikä on Transcriptome
4. Vertailu rinnakkain - Exome vs Transcriptome
5. Yhteenveto
Mikä on Exome?
Geenit koostuvat eksoneista, introneista ja säätelysekvensseistä. Eksonit ovat geenialueita, jotka transkriptoidaan mRNA-sekvenssiksi transkription aikana. Intronit ja muut koodaamattomat alueet poistetaan transkription aikana. Eksonien nukleotidisekvenssi määrittää geenin geneettisen koodin, joka syntetisoi sen koodaaman spesifisen proteiinin. Vain eksonit pysyvät proteiinin mRNA: ssa. Eksonien kokoelma genomissa tunnetaan organismin eksomeina. Se edustaa genomin osaa, joka ilmentyy geeneissä. Ihmisillä exome muodostaa 1% genomista. Se on proteiinia koodaava osa ihmisen genomista.
Kuva 01: Exome
Mikä on transkriptio?
Transkriptio on kokoelma proteiineja koodaavia ja koodaamattomia transkriptioita (RNA) tietyssä kudoksessa. Transkripti edustaa koko solun tai kudoksen geenien ilmentämien mRNA-molekyylien kokoelmaa. Solun transkriptio voi vaihdella toisen solutyypin transkriptoinnin kanssa. Transkriptio on myös dynaaminen - se muuttuu ajan myötä vastauksena sekä sisäisiin että ulkoisiin ärsykkeisiin. Jopa samassa kudoksessa tai samassa solutyypissä transkriptio voi muuttua muutaman minuutin kuluttua.
Transkriptio eroaa organismin eksomista. Transkriptio sisältää vain ekspressoidut eksomisekvenssit. Vaikka solun eksomi pysyy samana, transkriptio eroaa solujen välillä, koska geenien ilmentyminen ei ole sama kaikille soluille tai kudoksille. Vain välttämättömät geenit ilmentyvät eri soluissa ja kudoksissa. Geeniekspressio on kudos- tai solutyyppikohtainen prosessi. Sitä säätelevät erilaiset tekijät, mukaan lukien ympäristötekijät. Siksi transkriptio voi vaihdella ulkoisten ympäristöolosuhteiden mukaan.
Transkriptiota käytetään proteomiikkatutkimusten edeltäjänä. Kaikki proteiinit ovat peräisin mRNA-sekvensseistä. Translaatiomodifikaatiot voivat johtaa muutoksiin proteiineissa. Transkriptio tarjoaa kuitenkin tärkeitä perustietoja proteomisille tutkimuksille.
Kuva 02: Alkion kantasolujen transkriptio
Mitä eroa on Exomella ja Transcriptomella?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome on geenien proteiinia koodaavan alueen kokoelma. | Transkriptio on koko transkriptoidun RNA: n, mukaan lukien mRNA, kokoelma. |
| Näyte | |
| Exome tutkitaan DNA-näytteellä. | Transkriptiota tutkitaan käyttämällä RNA-näytettä. |
| Tutkimusmenetelmä | |
| Koko eksomin sekvensointi on menetelmä eksomin tutkimiseen. | RNA-sekvensointi on menetelmä transkriptomin tutkimiseen. |
Yhteenveto - Exome vs Transcriptome
Eksonit ovat geenien koodaavia sekvenssejä ja määrittävät proteiinien mRNA-sekvenssit. Näiden koodaavien sekvenssien (eksonien) kokoelma tunnetaan organismin eksomina. Geenit transkriptoidaan mRNA-molekyyleiksi ennen proteiinien valmistamista. Solun tai kudoksen kokonais-mRNA-molekyylit kulloinkin tunnetaan transkriptoina. Transkripti edustaa geenejä, joita ekspressoidaan aktiivisesti mRNA: ksi milloin tahansa. Transkriptio on solu- ja kudosspesifinen ja vaikuttaa ympäristöolosuhteisiin. Tämä on ero eksomin ja transkription välillä.
