shRNA vs siRNA
RNA-häiriöprosessin (RNAi) aikana kohdegeenin ilmentyminen kaatuu suurella spesifisyydellä ja selektiivisyydellä. RNAi on luonnollinen prosessi, ja siihen liittyy pieni häiritsevä RNA (siRNA) ja lyhyt hiusneula RNA (shRNA) ja bifunktionaalinen shRNA. Tällä hetkellä RNA: ta käytetään laajalti työkaluna henkilökohtaiseen syöpähoitoon. RNAi: n sovellukset tehdään periaatteessa kemiallisesti syntetisoiduilla kaksisäikeisillä siRNA- ja vektori-pohjaisilla shRNA-molekyyleillä. Vaikka näillä kahdella molekyylillä on samanlaiset toiminnalliset tulokset, ne eroavat rakenteestaan; siten näiden kahden molekyylin molekyylitoimintamekanismit, RNA-reitit ja kohteen ulkopuoliset vaikutukset eroavat myös toisistaan.
shRNA
shRNA on pienen RNA-molekyylin sekvenssi, joka tekee tiukan hiusneulan käännöksen, jota voidaan käyttää kohdegeeniekspression vaimentamiseen RNAi: n aikana. ShRNA: n ilmentyminen saavutetaan vektorilla, joka voi olla joko virus tai bakteeri, tai plasmidejakelulla. Ne syntetisoidaan solujen ytimessä ja kuljetetaan sytoplasmaan jatkoprosesseja varten. Näillä molekyyleillä on samanlaiset miRNA: n kypsymisreitit; miRNA: n synteesi on siten tarjonnut pohjan shRNA-synteesin ymmärtämiselle. Joko RNA-polymeraasi II tai III voi transkriptoida shRNA: n RNA-polymeraasi II- tai III-promoottorien kautta. ShRNA: iden käytön etuna on, että niillä on suhteellisen alhainen hajoamisnopeus ja vaihtuvuus. Haittana on, että se tarvitsee ekspressiovektorin, joka voi aiheuttaa joitain turvallisuusongelmia.
siRNA
siRNA: t ovat kaksisäikeisiä RNA-molekyylejä, jotka koostuvat 20-25 emäsparista. Näitä käytetään geenien estämiseen vaimentamalla mikä tahansa geeni komplementaarisella nukleotidisekvenssillä RNAi-reitillä. Geenin pudotus siRNA: n transfektiolla on usein epäonnistunut ohimenevän vaikutuksen vuoksi; varsinkin nopeasti jakautuvissa soluissa, ja tukahduttaminen ei kestä kauemmin. Tämän ongelman voittamiseksi siRNA: ta muokataan ottamalla käyttöön lyhyt hiusneularakenne. Tämä modifioitu molekyyli tunnettiin sitten nimellä shRNA. shRNA tulisi muuntaa siRNA: ksi Dicerin avulla normaalin toiminnan jatkamiseksi.
Mikä on ero shRNA: n ja siRNA: n välillä?
• Toisin kuin siRNA, shRNA: lla on ylimääräinen hiusneularakenne. shRNA on muunnettu versio siRNA: sta.
• shRNA vaatii ekspressiovektorin, kun taas siRNA ei.
• shRNA: ta voidaan käyttää pitkäaikaiseen pudotukseen, kun taas siRNA: ta voidaan käyttää vain lyhytaikaiseen geenien pudotukseen.
• Toisin kuin siRNA: n geenisuppressio, shRNA: n tukahduttaminen on pitkäaikaista, ja jos se insertoidaan sopivan virusvektorin kautta, se voi tuottaa pysyviä geenin vaimennusvaikutuksia.
• Diceria tarvitaan shRNA: n muuttamiseksi takaisin siRNA-molekyyliksi sen normaalien toimintojen suorittamiseksi.
