Keskeinen ero plastoikinonin ja plastosyaniinin välillä on, että plastoquinone on lipofiilinen kantajamolekyyli, joka siirtää elektroneja plastosyaniiniin sytokromi b6f -proteiinikompleksin kautta. Mutta, plastocyanin on pieni vesiliukoinen sininen-kupari-proteiini, joka hyväksyy elektronipari sytokromi b 6 f monimutkainen ja siirtää sen fotosysteemi I: tylakoidi tilaan.
Fotosynteesillä on kahden tyyppisiä reaktioita: valosta riippuvat reaktiot ja valosta riippumattomat reaktiot. Nämä kahden tyyppiset valojärjestelmät ovat tärkeässä asemassa valosta riippuvaisissa reaktioissa. Ne ovat valojärjestelmä I ja II. Valosysteemit ovat suuria proteiini- ja pigmenttikomplekseja tai valoa absorboivia molekyylejä. Ne sieppaavat auringonvalon energiaa. P700 on valojärjestelmän I reaktiokeskus, kun taas P680 on valojärjestelmän II reaktiokeskus. Jokainen valojärjestelmä absorboi valoa ja tuottaa ATP: tä fotofosforylaation kautta. Ne tuottavat myös NADPH: ta. Useat elektronityyppiset tyypit osallistuvat valosta riippuvaisiin reaktioihin. Plastakinoni ja plastosyaniini ovat kahden tyyppisiä molekyylejä, jotka osallistuvat elektroninsiirtoketjuun.
