Tärkein ero pimennyksen ja piilevän jakson välillä on, että pimennysjakso on faagiproteiinien ja nukleiinihappojen syntetisoinnin aika isäntäsolun sisällä, kun taas piilevä jakso on aika virusgenomin injektoinnin soluun ja isäntäsolun hajoamisen välillä.
Bakteriofagi (faagi) on pakollinen solunsisäinen viruspartikkeli, joka tartuttaa ja leviää tietyssä bakteerissa. Näitä kutsutaan myös bakteerien syöjiksi, koska ne toimivat bakteereja tappavina aineina. Pään ja hännän monimutkainen muoto on yleisin bakteriofaagien osoittama muoto. Ne tartuttavat isäntäbakteereja lisääntymään. Infektion alussa ne kiinnittyvät tiiviisti bakteerisoluseinään pintareseptoreidensa avulla ja injektoivat geneettisen materiaalin isäntäsoluun. Sitten heidän tartuntansa voi tapahtua kahden syklin kautta: lyyttisen ja lysogeenisen syklin kautta.
Lyyttisyklissä bakteriofaagit infektoivat bakteereja ja tappavat isäntäbakteerisolun nopeasti hajoamalla. Lysogeenisessä syklissä viruksen geneettinen materiaali integroituu bakteerien genomiin tai plasmideihin ja on isäntäsolussa monien sukupolvien ajan tappamatta isäntän bakteeria. Infektioprosessi seuraa eri jaksoja kuten piilevä jakso, pimennysjakso, nousun aika jne.
