Tärkein ero Apicomplexian ja Ciliophoran välillä on se, että Apicomplexia on alkueläinten alaryhmä ja sisältää organismeja, joilla on apikaalinen kompleksi, kun taas Ciliophora on toinen alkueläinten alalaji, joka sisältää silikoita sisältäviä organismeja.
Alkueläin on yksi kahdesta valtakunnan Protistaan kuuluvasta pääryhmästä. Toinen ryhmä on levä. Alkueläimet ovat yksisoluisia eläimiä, kuten eukaryoottisia organismeja. Ne kuuluvat neljään luokkaan: Sarcodina (amoebae), Ciliophora (ciliates), Zoomastigophora (flagellates) ja Apicomplexa. Apikompleksialla on rakenne, joka tunnetaan apikaalikompleksina, kun taas Ciliophora-jäsenillä on tuhansia silmukoita organismin pinnalla.
