Keskeinen ero endogeenisten ja eksogeenisten antigeenien välillä on se, että endogeeninen antigeeni syntyy soluissa, kun taas eksogeeninen antigeeni tulee kehoon ulkopuolelta.
Antigeeni on molekyyli tai aine, joka reagoi spesifisen immuunivasteen tuotteeseen ja stimuloi vasta-aineiden muodostumista. Kyseisen molekyylin antigeenisuus on antigeenin kyky indusoida vasta-ainetuotantoa. Antigeenit voivat myös olla joko proteiini tai polysakkaridi. Lisäksi antigeeniä esittelevät solut (APC: t), kuten dendriittisolut, välittävät antigeenin ottoa, antigeenin prosessointia ja antigeenin esittelyä. Lisäksi immuuniaktiivisuudesta riippuen antigeenit voidaan luokitella immunogeeneiksi, tolerogeeneiksi tai allergeeniksi. Lisäksi voimme myös luokitella antigeenit alkuperänsä mukaan eksogeenisiksi tai endogeenisiksi.
