Keskeinen ero DMSO: n ja MSM: n välillä on, että DMSO on orgaaninen rikkiyhdiste, joka esiintyy nestefaasissa, kun taas MSM on orgaaninen rikkiyhdiste, joka esiintyy kiinteässä faasissa.
Termi DMSO tarkoittaa dimetyylisulfoksidia, kun taas termi MSM tarkoittaa metyylisulfonyylimetaania. Molemmat ovat orgaanisia rikkiyhdisteitä. Se tarkoittaa; näillä yhdisteillä on rikkiatomeja, jotka ovat sitoutuneet orgaanisiin yhdisteisiin. Suurin ero DMSO: n ja MSM: n välillä on ainefaasissa, jossa näitä yhdisteitä esiintyy huoneen lämpötilassa. Tämän keskeisen eron lisäksi on joitain muita eroja.