Keskeinen ero auksotrofien ja prototrofien välillä on se, että auksotrofit ovat mutantteja mikro-organismeja, jotka ovat menettäneet kyvyn tuottaa erityistä orgaanista yhdistettä, jota tarvitaan niiden kasvuun, kun taas prototrofit ovat villityypin mikro-organismeja, jotka pystyvät tuottamaan kaikki vaaditut orgaaniset yhdisteet.
Mikro-organismeilla on erilaisia ravintotapoja. Erityisesti bakteereilla on erilaiset kyvyt. Jotkut bakteerit kykenevät fotosyntetisoimaan ja tuottamaan omaa ruokaansa, kun taas jotkut bakteerit elävät symbioottisissa suhteissa isäntäorganismiinsa ja saavat ravinteita. Lisäksi jotkut bakteerit hajottavat orgaanista ainesta ja hankkivat ravinteita. Auxotrofit ja prototrofit ovat kaksi mikro-organismiryhmää, jotka eroavat toisistaan niiden kyvyn perusteella tuottaa orgaanisia yhdisteitä kasvua varten. Prototrofit voivat syntetisoida kaikki niiden kasvuun tarvittavat orgaaniset yhdisteet, kun taas autotrofit eivät pysty tuottamaan tiettyä orgaanista yhdistettä, joka on välttämätön sen kasvulle mutaation vuoksi.
