Keskeinen ero homotsygoottien ja heterotsygottien välillä on se, että homotsygootit tarkoittavat, että molemmat alleelit ovat samanlaisia ominaisuudelle, kun taas heterotsygootit tarkoittavat, että nämä kaksi alleelia eroavat piirteestä.
Vanhempien kromosomeista perityt geenit hallitsevat eläinten, kasvien ja kaikkien muiden elävien olentojen kaikkia ominaisuuksia. Se on ydin syy vanhempien ominaisuuksien osoittamiseen jälkeläisissä. Useimmilla eukaryoottisilla organismeilla on kaksi geenisarjaa, jotka tunnetaan äidin geeninä ja isän geeninä. Siksi geneettinen tilanne tunnetaan nimellä diploidi (kaksi kromosomisarjaa). Se tarkoittaa; kaikilla piirteillä on geneettisiä komponentteja sekä äidiltä että isältä. Nämä geenit voivat kuitenkin olla joko hallitsevia tai resessiivisiä toisiinsa nähden, ja silloin homotsygoottiset ja heterotsygoottiset ominaisuudet tulevat tärkeiksi. Homotsygoottinen on tila, jossa on kaksi hallitsevaa alleelia (AA) tai kaksi resessiivistä alleelia (aa), kun taas heterotsygoottinen on tila, jossa on yksi hallitseva alleeli ja yksi resessiivinen alleeli (Aa).
