Tärkein ero opsonisaation ja neutraloinnin välillä riippuu tavasta, jolla ne suorittavat immunologisen vasteen. Opsonisaatiossa taudinaiheuttajat merkitään ennen tuhoamista, kun taas neutraloinnissa patogeenin vaikutus neutraloidaan.
Immunologiset vasteet voivat olla synnynnäisiä tai mukautuvia. Taudinaiheuttajilla on patogeenitunnistusreseptoreita, jotka helpottavat isännän tunnistamista. Opsonisaatiossa isäntä tuottaa opsoniineja. Neutraloinnissa isäntä tuottaa kuitenkin neutraloivia vasta-aineita vasta-aine-antigeenireaktion vaikutusten neutraloimiseksi.