Keskeinen ero esterin ja eetterin välillä on, että esterin funktionaalinen ryhmä on –COO, kun taas eetterin funktionaalinen ryhmä on –O-.
Esteri ja eetteri ovat orgaanisia molekyylejä, joissa on happiatomeja. Estereillä on ryhmä –COO. Täällä yksi happiatomi on sitoutunut hiileen kaksoissidoksella ja toinen happi yhdellä sidoksella. Koska vain kolme atomia liittyy hiiliatomiin, sen ympärillä on trigonaalinen tasomainen geometria. Lisäksi hiiliatomi on sp 2 hybridisoitiin. Lisäksi esteri on karboksyylihappojohdannainen. Eetterillä on toisaalta happiatomi, jossa on kaksi yksittäistä sidosta kahdella alkyyli- tai aryyliryhmällä. Happiatomissa on myös kaksi yksinäistä elektroniparia.
