Keskeinen ero esterin ja eetterin välillä on, että esterin funktionaalinen ryhmä on -COO, kun taas eetterin funktionaalinen ryhmä on -O-.
Esteri ja eetteri ovat orgaanisia molekyylejä, joissa on happiatomeja. Estereillä on ryhmä -COO. Täällä yksi happiatomi on sitoutunut hiileen kaksoissidoksella ja toinen happi yhdellä sidoksella. Koska vain kolme atomia liittyy hiiliatomiin, sen ympärillä on trigonaalinen tasomainen geometria. Lisäksi hiiliatomi on sp 2 hybridisoitiin. Lisäksi esteri on karboksyylihappojohdannainen. Eetterillä on toisaalta happiatomi, jossa on kaksi yksittäistä sidosta kahdella alkyyli- tai aryyliryhmällä. Happiatomissa on myös kaksi yksinäistä elektroniparia.