Keskeinen ero sukupuoli- ja naistutkimusten välillä on se, että naistutkimukset keskittyvät ensisijaisesti naisiin, kun taas sukupuolentutkimus keskittyy nais-, miehetutkimuksiin ja queer-tutkimuksiin.
Naisopinnot monitieteisellä alalla, joka sai alkunsa naisliikkeen toisesta aallosta 1960-luvun lopulla. Se keskittyy naisten rooleihin, kokemuksiin ja saavutuksiin yhteiskunnassa. Sukupuolentutkimus on ala, joka syntyi naistutkimuksista. Suurin osa yliopistoista tarjoaa nykyään nais- ja sukupuolentutkimuksen kursseja vain naistutkimuksen sijaan. On myös tärkeää huomata, että jotkut yliopistot voivat tarjota naisopiskelukursseja samalla sisällöllä kuin sukupuolentutkimusohjelmat.