Keskeinen ero kromatiinin ja kromosomien välillä on se, että kromatiini on kietoutumaton ja avautumaton DNA, joka esiintyy DNA- ja histoniproteiinien kompleksina, kun taas kromosomit sisältävät DNA: n kaksoiskierteen korkeimman kondensoidun rakenteen geneettisen materiaalin asianmukaiseen erottamiseen tytärsolujen välillä.
Kromatiini ja kromosomi ovat kaksi DNA-kaksoiskierteen rakenteiden luokkaa, joita esiintyy solun eri vaiheissa. On välttämätöntä pakata koko DNA, joka tallentaa solun geneettisen tiedon, eukaryoottiseen ytimeen olemassaoloa varten. Näin ollen kromatiini on tavallinen pakatun DNA: n muoto solussa. Toisaalta kromosomit ovat tärkeimmät rakenteet solussa solujen jakautumisen aikana, ja ne sisältävät geneettisen materiaalin DNA: n muodossa. Tämä johtuu siitä, että he ovat vastuussa perinnöllisen tiedon siirtämisestä sukupolvelta toiselle. On olemassa kahdenlaisia kromosomeja autosomeina ja sukupuolikromosomeina. Sukukromosomit ovat tärkeitä sukupuolen määrittämisessä, kun taas autosomit määrittävät muut ominaisuudet. Yleensä kromosomit ilmestyvät solunjakautumisen metafaasin aikana.