Tärkein ero apomorfian ja plesiomorfian välillä on se, että apomorfia viittaa ominaisuuteen, joka on ainutlaatuinen kladille ja löytyy kaikista kyseisen kladin jälkeläisistä, kun taas plesiomorfia viittaa ominaisuuteen, joka on läsnä kladissa, mutta ei välttämättä ole läsnä kaikki klaadin jäsenet.
Fylogenetiikassa kladistiikka on alue, joka luokittelee organismit ryhmiin tai ryhmiin esi-isien perimien ominaisuuksien perusteella. Se on erittäin luotettava tutkimusmuoto, joka auttaa analysoimaan evoluutio- ja filogeneettisiä suhteita. Erilaisia termejä voidaan käyttää kuvaamaan kunkin kladin ominaisuuksia, kuten apomorfia, plesiomorfia, autapomorfia, synapomorfia ja homoplasia jne. Niiden joukossa apomorfia ja plesiomorfia ovat suhteellisia termejä. Näissä tutkimuksissa tietokonepohjaiset ohjelmistot ovat todella hyödyllisiä Apomorfian ja Plesiomorfian ominaisuuksien ja ominaisuuksien tutkimiseen.
