Tärkein ero - Nick Translation vs Primer Extension
Nick-käännös ja alukkeen jatkaminen ovat kaksi tärkeää tekniikkaa, joka suoritetaan molekyylibiologiassa. Keskeinen ero nick-translaation ja alukkeen pidennyksen välillä on se, että nick-translaatioprosessi tuottaa leimattuja koettimia muille hybridisaatiotekniikoille, kun taas alukkeen jatkamismenetelmä tunnistaa spesifisen RNA-sekvenssin seoksesta ja paljastaa tietoa mRNA: n ilmentymisestä. Molemmilla tekniikoilla on suuri merkitys ja ne suoritetaan rutiininomaisesti molekyylitutkimuslaboratorioissa.
SISÄLLYSLUETTELO
1. Yleiskatsaus ja keskeinen ero
2. Mikä on Nick Translation
3. Mikä on Primer Extension
4. Vertailu rinnakkain - Nick Translation vs Primer Extension
5. Yhteenveto
Mikä on Nick Translation?
Nick-translaatio on tärkeä tekniikka, jota käytetään leimattujen koettimien valmistamiseen erilaisille molekyylibiologisille tekniikoille, kuten blottaus, in situ -hybridisaatio, fluoresoiva in situ -hybridisaatio jne. Se on in vitro -menetelmä DNA-leimaamiseksi. DNA-koettimia käytetään spesifisten DNA- tai RNA-sekvenssien tunnistamiseen. Leimatun koettimen avulla spesifiset fragmentit voidaan merkitä tai visualisoida kompleksisesta nukleiinihapposeoksesta. Siksi leimatut koettimet valmistetaan käyttämällä erilaisia tekniikoita, joita käytetään eri tekniikoihin. Nick-käännös on yksi sellainen menetelmä, joka tuottaa leimattuja koettimia DNaasi 1- ja DNA-polymeraasi 1 -entsyymien avulla.
Lempinimen käännösprosessi alkaa DNaasi 1 -entsyymiaktiivisuudella. DNaasi 1 tuo nikkelit kaksijuosteisen DNA: n fosfaattirunkoon katkaisemalla fosfodiesterisidokset nukleotidien välillä. Kun lempinimi on luotu, saadaan nukleotidin vapaa 3'-OH-ryhmä ja DNA-polymeraasi 1 -entsyymi vaikuttaa siihen. DNA-polymeraasi 1: n 5'-3'-eksonukleaasiaktiivisuus poistaa nukleotidit nikkelistä kohti DNA-juosteen 3'-suuntaa. Samanaikaisesti DNA-polymeraasi 1 -entsyymin polymeraasiaktiivisuus toimii ja lisää nukleotideja korvaamaan poistetut nukleotidit. Jos nukleotidit leimattiin, korvautuminen tapahtuu leimattuilla nukleotideilla ja se merkitsee DNA: n tunnistamista varten. Tätä vasta syntetisoitua leimattua DNA: ta voidaan käyttää koettimina erilaisissa hybridisaatioreaktioissa molekyylibiologiassa.
Kuva 01: Nickin käännösprosessi
Mikä on Primer Extension?
Alukepidennys on tekniikka, jota käytetään spesifisen RNA-sekvenssin löytämiseen RNA-seoksesta ja mRNA-transkriptin 5'-pään paikantamiseen. Sitä käytetään myös RNA: n rakenteen ja ilmentymisen tutkimiseen. Alustepidennysmenetelmä suoritetaan leimattujen alukkeiden tai leimattujen nukleotidien kanssa. Jos käytetään leimattuja alukkeita, se sulkee pois tarpeen leimata nukleotidit, joita käytetään cDNA: n synteesissä. Tässä tekniikassa on useita vaiheita. Se alkaa RNA: n uuttamisesta näytteestä. Sitten seokseen lisätään leimattu oligonukleotidialuke yhdessä tarvittavien aineosien kanssa tietyn RNA-sekvenssin cDNA: n syntetisoimiseksi. Primer hehkuttaa seoksen komplementaarisen sekvenssin kanssa. Käyttämällä alukkeella hehkutettua sekvenssiä mallina,entsyymi käänteistranskriptaasi syntetisoi RNA-sekvenssin komplementaarisen DNA: n (cDNA). Alukkeen hehkutus ja käänteiskopiointi tapahtuvat vain, kun näytteessä on spesifistä RNA-sekvenssiä. Lopuksi, kun suoritetaan denaturointigeelielektroforeesi, RNA-sekvenssin koko voidaan määrittää. On myös helppo löytää mRNA (transkription aloituskohta) -sekvenssin +1 emäs alukepidennysmenetelmällä. Näytteessä olevan mRNA: n määrä voidaan kvantifioida tällä menetelmällä, jos käytetään ylimääräistä aluketta. On myös helppo löytää mRNA (transkription aloituskohta) -sekvenssin +1 emäs alukepidennysmenetelmällä. Näytteessä olevan mRNA: n määrä voidaan kvantifioida tällä menetelmällä, jos käytetään ylimääräistä aluketta. On myös helppo löytää mRNA (transkription aloituskohta) -sekvenssin +1 emäs alukepidennysmenetelmällä. Näytteessä olevan mRNA: n määrä voidaan kvantifioida tällä menetelmällä, jos käytetään ylimääräistä aluketta.
Kuva 02: Pohjapidennys
Mitä eroa on Nick Translationin ja Primer Extensionin välillä?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Nick-käännös on prosessi, joka luo leimattuja DNA-koettimia erilaisille hybridisaatioreaktioille. | Alustepidennys on tekniikka, jota käytetään spesifisen RNA: n löytämiseen tai geeniekspression tutkimiseen. |
| Käytetyt entsyymit | |
| Käytetään DNaasi 1- ja DNA-polymeraasientsyymejä. | Käytetään käänteiskopioijaentsyymiä. |
| Merkitys | |
| Nick-käännös helpottaa spesifisen DNA-sekvenssin merkitsemistä. | Alustepidennys mahdollistaa spesifisen mRNA-sekvenssikoon ja näytteessä olevan määrän tunnistamisen. |
Yhteenveto - Nick Translation vs Primer Extension
Nick-käännös on menetelmä, jolla syntetisoidaan leimattuja koettimia, jotka perustuvat DNaasi 1- ja E coli-DNA-polymeraasi 1 -entsyymien aktiivisuuteen. Se on in vitro -menetelmä, jota käytetään laboratorioissa ennen erilaisia hybridisaatiotekniikoita. Lempinranslaation aikana DNA-polymeraasi 1: n 5'-3'-eksonukleaasiaktiivisuus poistaa nukleotidit ennen nikkeliä ja DNA-polymeraasi 1: n polymeraasiaktiivisuus korvaa poistetut nukleotidit leimattuilla nukleotideilla lempin takana. Alukepidennys on menetelmä, jota käytetään spesifisen RNA-transkription havaitsemiseksi seoksesta ja kvantifioimaan kiinnostavan RNA: n koko ja määrä. Tämä on ero nick-käännöksen ja alukkeen pidennyksen välillä.
