Tärkein ero - SYBR Green vs Taqman
SYBR Green ja Taqman ovat kaksi menetelmää, joita käytetään reaaliaikaisen PCR: n monistusprosessin havaitsemiseen tai seuraamiseen. SYBR Green on menetelmä, joka perustuu nukleiinihappovärjäysvärin interkaloitumiseen, kun taas Taqman on menetelmä, joka perustuu hydrolyysikoettimeen. Molemmat tekniikat on suunniteltu tuottamaan fluoresenssi PCR: n aikana, mikä antaa reaaliaikaisen PCR-koneen seurata reaktiota "reaaliajassa". SYBR Green -menetelmä suoritetaan käyttämällä fluoresoivaa väriainetta nimeltä SYBR green ja se havaitsee monistumisen sitomalla väriaineen tuotettuun kaksisäikeiseen DNA: han. Taqman suoritetaan käyttämällä kaksoisleimattuja koettimia ja havaitsee monistumisen hajottamalla koettimen Taq-polymeraasilla ja vapauttamalla fluoroforin. Tämä on tärkein ero SYBR Greenin ja Taqmanin välillä.
SISÄLLYSLUETTELO
1. Yleiskatsaus ja tärkein ero
2. Mikä on SYBR Green
3. Mikä on Taqman
4. Vertailu rinnakkain - SYBR Green vs. Taqman
5. Yhteenveto
Mikä on SYBR Green?
SYBR Green on fluoresoiva väriaine, jota käytetään nukleiinihappojen, erityisesti kaksisäikeisen DNA: n värjäämiseen molekyylibiologiassa. SYBR Green -menetelmää käytetään kvantifioimaan PCR-tuotteet reaaliaikaisen PCR: n aikana. Kun se sitoutuu DNA: han, syntynyt DNA-värikompleksi absorboi sinistä valoa ja lähettää voimakasta vihreää valoa. Se tapahtuu rakennemuutoksen vuoksi, joka tapahtuu värimolekyylissä sitoutuessaan kaksisäikeiseen DNA: han. Kun PCR luo yhä enemmän DNA: ta, useammat värimolekyylit sitoutuvat DNA: han, mikä lisää fluoresenssia. Siksi fluoresenssi kasvaa PCR-tuotteen kertymisen myötä. Näin ollen PCR-tuotteen määrä voidaan mitata kvantitatiivisesti SYBR Green -fluoresenssitunnistuksella.
SYBR-vihreää väriä voidaan käyttää myös DNA-leimaamiseen sytometriassa ja fluoresoivassa mikroskopiassa. Etidiumbromidi on korvattu onnistuneesti SYBR Greenillä, koska etidiumbromidi on karsinogeeninen väriaine, jonka hävittämisongelmia esiintyy geelielektroforeesin DNA-visualisoinnissa.
SYBR green -menetelmällä on etuja ja haittoja. Tämä menetelmä on erittäin herkkä, halpa ja helppo käyttää. Koska epäspesifinen sitoutuminen kykenee sitoutumaan mihin tahansa kaksisäikeiseen DNA: han, se voi johtaa PCR-tuotteen liialliseen kvantifiointiin.
Kuva 01: SYBR Green Technique
Mikä on Taqman?
Taqman on vaihtoehtoinen menetelmä SYBR Greenille reaaliaikaisen PCR-prosessin seuraamiseksi. Tämä menetelmä riippuu Taq-polymeraasientsyymin 5'-3'-eksonukleaasiaktiivisuudesta koettimien hajottamiseksi uuden juosteen pidentymisen ja fluoroforin vapautumisen aikana. Tässä menetelmässä käytetään kaksoisleimattuja koettimia ja se perustuu koettimien hydrolyysiin. Koettimet ovat fluoresoivasti leimattuja DNA-oligonukleotideja, joiden 5'-päässä on fluoresoiva reportterimolekyyli (fluorofori) ja 3'-päässä sammutinmolekyyli. Ne on suunniteltu sitoutumaan yksijuosteiseen templaattiin alukkeen ansaitsemisen vastakkaisella puolella. Taq-polymeraasi lisää nukleotideja alukkeeseen ja laajentaa uutta juosetta kohti kaksoisleimattuja koettimia. Kun Taq-polymeraasi kohtaa koettimen, Taq-polymeraasin eksonukleaasivaikutus aktivoi ja hajottaa koettimen. Kun koetin on saattanut loppuun uuden juosteen synteesin, se hajoaa täydellisesti ja vapauttaa fluoroforin. Fluoroforin vapautuminen tuottaa fluoresenssia. Fluoresoiva sammutusmolekyyli sammuttaa tehokkaasti emittoidun valon ja luo ulostulon PCR-tuotteen kvantifiointia varten. Fluoroforien vapautuminen ja PCR-tuotteiden määrä ovat verrannollisia. Kvantifiointi voidaan siten tehdä helposti Taqman-menetelmällä.kvantifiointi voidaan tehdä helposti Taqman-menetelmällä.kvantifiointi voidaan tehdä helposti Taqman-menetelmällä.
Kuva 02: Taqman-menetelmä
Taqman-menetelmää käytetään reaaliaikaisessa PCR: ssä, geeniekspression kvantifioinnissa, geneettisten polymorfismien havaitsemisessa, kromosomaalisten DNA-deleetioiden kvantifioinnissa, bakteerien tunnistamisessa, mikrorake-analyysin todentamisessa, SNP-genotyypityksessä jne.
Mitä eroa on SYBR greenin ja Taqmanin välillä?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
SYBR Green vs Taqman |
|
| SYBR Green perustuu DNA: ta sitovaan väriaineeseen. | Taqman riippuu hybridisaatiokoettimista ja Taq-polymeraasin 5'-3'-eksonukleaasiaktiivisuudesta. |
| Fluoresoivasti leimatut koettimet | |
| Fluoresoivasti leimattuja koettimia ei tarvita. | Kaksoismerkityt koettimet vaaditaan. |
| Multiplex-geenianalyysi | |
| Sitä ei voida käyttää multipleksigeenikohteisiin. | Sitä voidaan käyttää multipleksigeenikohteisiin. |
| Kustannus | |
| Tämä on halvempaa. | Tämä on kalliimpaa. |
| Tarkkuus | |
| Tämä on vähemmän spesifinen ja sitoutuu mihin tahansa kaksoisjuosteiseen DNA: han | Nämä ovat erittäin spesifisiä, koska koettimet havaitsevat spesifiset monistustuotteet. |
| Tehokkuus | |
| Tämä on vähemmän tehokasta. | Tämä on erittäin tehokasta. |
| Sovellus | |
| Tätä käytetään reaaliaikaisessa PCR: ssä, agaroosigeelivisualisoinnissa, DNA-leimauksessa jne. | Tätä käytetään reaaliaikaisessa PCR: ssä, geeniekspression kvantifioinnissa, geneettisten polymorfismien havaitsemisessa jne. |
Yhteenveto - SYBR Green ja Taqman
Taqman ja SYBR green ovat kaksi menetelmää, joita käytetään reaaliaikaisessa PCR: ssä (kvantitatiivinen PCR). Molemmat menetelmät mahdollistavat PCR-tuotteen kvantifioinnin tehokkaasti ja tukeutuvat fluoresenssin emissioon. Taqman-menetelmä käyttää kaksoisleimattuja koettimia kertyneen DNA: n havaitsemiseen, kun taas SYBR Green -menetelmä käyttää fluoresoivaa väriä. Molemmilla menetelmillä on myös erilaiset sovellukset molekyylibiologiassa.
