Keskeinen ero energian virtauksen ja ainekierron välillä on se, että energian virtaus osoittaa energiansiirron yhdeltä trofiselta tasolta seuraavalle trofiselle tasolle ruokaketjuissa, kun taas ainekierto osoittaa alkuaineiden virtauksen tai kiertämisen ekosysteemien elävien ja elävien osien läpi.
Energia virtaa ekosysteemissä ruokaketjujen kautta. Vastaavasti elementit kiertävät maapallon eri osissa. Aurinko on useimpien ekosysteemien energialähde. Alkutuottajat kiinnittävät auringonvalon energian hiilihydraateiksi. Kuluttajat, erityisesti kasvinsyöjät, kuluttavat tuottajien tuottamia elintarvikkeita. Sitten lihansyöjät ja kaikkiruokaiset riippuvat kasvinsyöjistä. Samoin energia virtaa eri trofisten tasojen läpi. Samalla aine kierrätetään eri prosessien kautta. Itse asiassa sekä energia että aine siirtyvät organismista toiseen ruokaketjuissa.
