Tärkein ero aktinomykoosin ja aktinobasilloosin välillä on se, että aktinomykoosi on tartuntatauti, jonka aiheuttaa gram-positiiviset filamenttiset Actinomyces spp. Sitä vastoin aktinobasilloosi on tartuntatauti, jonka aiheuttaa gram-negatiivinen, sauvanmuotoinen Actinobacillus spp.
Aktinomykoosi ja aktinobasilloosi ovat kaksi bakteerien aiheuttamaa tartuntatautia. Actinomyces spp ovat aktinomykoosin aiheuttajia. Ne ovat gram-positiivisia, rihmaisia, ei-haponkestäviä ja anaerobisia mikroaerofiilisille bakteereille. Aktinomykoosi voi vaikuttaa kasvoihin, luihin ja niveliin, hengitysteihin, virtsa- ja virtsateihin, ruoansulatuskanavaan, keskushermostoon, ihoon ja pehmytkudosrakenteisiin. Sen sijaan Actinobacillus spp ovat aktinobasilloosin aiheuttajia. Actinobacillus spp ovat gramnegatiivisia, liikkumattomia, ei itiöitä muodostavia ja soikeat sauvan muotoisia bakteereja. Aktinomykoosi syntyy yleensä kovissa kudoksissa, kun taas aktinobasilloosi yleensä pehmytkudoksissa.