Keskeinen ero pyridiinin ja pyrimidiinin välillä on se, että pyridiinirakenne muistuttaa bentseenin rakennetta, jossa yksi metyyliryhmä on korvattu typpiatomilla, kun taas pyrimidiinirakenteessa, vaikka se muistuttaa myös bentseenin rakennetta, on kaksi metyyliryhmää korvattu typpiatomeilla.
Pyridiini ja pyrimidiini ovat orgaanisia yhdisteitä. Nämä on nimetty heterosyklisiksi orgaanisiksi yhdisteiksi, koska ne ovat syklisiä rakenteita, joissa on kaksi erityyppistä atomia, jotka tekevät renkaasta. Nämä rengasrakenteet sisältävät hiili- ja typpiatomeja.