Keskeinen ero molekyylirata- ja valenssisidoteorian välillä on se, että molekyylirata-teoria kuvaa molekyylin kiertoradan muodostumista, kun taas valenssisidoteoria kuvaa atomirataita.
Eri molekyyleillä on erilaiset kemialliset ja fysikaaliset ominaisuudet kuin yksittäisillä atomilla, jotka liittyivät muodostamaan nämä molekyylit. Näiden atomien ja molekyylien välisten erojen ymmärtämiseksi on tarpeen ymmärtää kemiallisen sidoksen muodostuminen useiden atomien välillä molekyylin muodostamiseksi. Tällä hetkellä käytämme kahta kvanttimekaanista teoriaa kuvaamaan molekyylien kovalenttista sidosta ja elektronirakennetta. Nämä ovat valenssisidos- ja molekyylirata-teorioita.
