Keskeinen ero homologisten rakenteiden ja vestigiaalisten rakenteiden välillä on, että homologiset rakenteet ovat anatomisesti samanlaisia rakenteita, joita esiintyy eri organismeissa, joilla on yhteinen esi-isä, kun taas vestigiaaliset rakenteet ovat anatomisia rakenteita, jotka ovat menettäneet hyödyllisyytensä organismille.
Homologiset rakenteet ovat jäännösrakenteita, jotka ovat kahden tyyppisiä anatomisia rakenteita, jotka ovat evoluutiolle tärkeitä. Homologiset rakenteet ovat samanlaisia rakenteita, joita esiintyy eri organismeissa ja jotka ovat peräisin yhteiseltä esi-isältä. Sen sijaan jäännösrakenteet ovat rakenteita, jotka eivät ole enää hyödyllisiä organismeille ja joiden koko on pienempi.
