Keskeinen ero boratsiinin ja bentseenin välillä on, että boratsiini sisältää renkaan rakenteessa kolme booriatomia ja kolme typpiatomia, kun taas bentseeni sisältää renkaan rakenteessa kuusi hiiliatomia.
Sekä boratsiinilla että bentseenillä on samanlaiset rakenteet kuusijäsenisellä renkaalla, ja nämä kaksi yhdistettä ovat isoelektronisia. Tämä tarkoittaa, että sekä boratsiinilla että bentseenillä on sama elektronien määrä tai sama elektroninen rakenne. Niillä on kuitenkin täysin erilaiset kemialliset ja fysikaaliset ominaisuudet, koska näiden yhdisteiden renkaat koostuvat erilaisista atomista.
