Keskeinen ero fenetiikan ja kladistiikan välillä on menetelmä, jota käytetään organismien luokittelussa. Fenetika luokittelee organismit morfologisten ja rakenteellisten ominaisuuksien perusteella, kun taas kladistiikka luokittelee organismit niiden esi-isien ja evoluutioiden perusteella.
Organismien luokittelu on tärkeä prosessi biologisessa monimuotoisuudessa ja biologisissa tutkimuksissa. Taksonomia helpottaa erilaisten järjestelmien luokittelua samalla kun se auttaa klusteroimaan ja organismeja ryhmittelemään. Tältä osin fenetiikalla ja kladistiikalla on tärkeä rooli suhteiden luomisessa organismien välillä.
