Keskeinen ero glykogeenin ja glukoosin välillä on, että glykogeeni on polysakkaridi, joka varastoi hiilihydraatteja eläimiin ja sieniin, kun taas glukoosi on runsain monosakkaridi, joka toimii ensisijaisena energialähteenä soluissa.
Hiilihydraatit ovat orgaanisia yhdisteitä, joille on tunnusomaista hiili-, vety- ja happielementit. Vedyn ja hapen suhde on 2: 1 hiilihydraateissa, samanlainen kuin vesi. Hiilihydraatit ovat erittäin tärkeitä yleisiä biologisia yhdisteitä, koska ne ovat tärkein energialähde ja protoplasman rakenteellinen ainesosa. Hiilihydraatit ovat yleensä valkoisia, kiinteitä ja liukoisia orgaanisiin nesteisiin lukuun ottamatta tiettyjä polysakkarideja. Monosakkaridit ovat hiilihydraattimolekyylien perusyksiköitä, ja glukoosi on tärkein niistä. Glykogeeni on myös hiilihydraatti. Mutta se on polysakkaridi, joka muodostuu glukoosimolekyylien anabolian avulla haarautuneeksi molekyyliksi. Sekä glukoosi että glykogeeni ovat tärkeitä kehon energiantuotannossa. Glukoosi on energiantuotannon tärkein polttoaine, ja glykogeeni on eräänlainen toissijainen,pitkäaikainen energian varastointi eläimissä ja sienissä.
