Keskeinen ero transformaation ja transduktion välillä on se, että transformaatio on mekanismi, joka muuttaa bakteerien geneettistä materiaalia ottamalla eksogeenisen geneettisen materiaalin suoraan ympäristöstä solukalvon läpi ja sisällyttämällä sen genomiin, kun taas transduktio on vieraan DNA: n injektointi bakteriofagiviruksen isäntäbakteeriin.
Konjugaatio on hyvin tunnettu DNA-rekombinaatiomenetelmä, jota löytyy sekä eukaryooteista että prokaryooteista. Tutkijat ovat havainneet, että DNA on mahdollista siirtää bakteerisolusta toiseen kahdella muulla mekanismilla: transformaatiolla ja transduktiolla. Konjugaation tavoin nämä kaksi mekanismia siirtävät DNA: ta yhteen suuntaan, ja rekombinaatio tapahtuu alleelien välillä homologisilla DNA-alueilla. Molemmat mekanismit siirtävät hyvin vähän DNA-määriä eivätkä siirrä koko solukromosomia.
