Keskeinen ero alkion ja somaattisten kantasolujen välillä on se, että alkion kantasolut ovat pluripotentteja erilaistumattomia soluja, joilla on alkion alkuperä, kun taas somaattiset kantasolut ovat monipotentteja erilaistumattomia soluja, jotka ovat peräisin kudoksesta ja elimestä.
Kantasolut ovat erilaistumattomia soluja, jotka kykenevät kasvamaan todellisiksi kudoksiksi tai elimiksi. Yleensä on olemassa kaksi pääkantasolutyyppiä: alkion kantasolut ja aikuisten kantasolut (somaattiset kantasolut). Erilaistumisen tapauksessa alkion kantasolut voivat erilaistua minkä tahansa tyyppisiin soluihin. Sen sijaan somaattiset kantasolut voivat erilaistua vain useiksi kudosspesifisiksi soluiksi. Siksi alkion kantasolut ovat pluripotentteja, kun taas somaattiset kantasolut ovat multipotentteja. Yksinkertaisesti sanottuna erilaistumiskyky on korkea alkion kantasoluissa verrattuna somaattisiin kantasoluihin.
