Keskeinen ero endosytoosin ja fagosytoosin välillä on se, että endosytoosi on prosessi, jolla aine viedään soluun muodostamalla solukalvorakkuloita, kun taas fagosytoosi on prosessi, jossa suuri kiinteä aine viedään soluun muodostamalla fagosomeja.
Endosytoosi ja fagosytoosi ovat kaksi kuljetusmekanismia, jotka vievät materiaalia soluun. Endosytoosi on kolme luokkaa. Niistä fagosytoosi ja pinosytoosi ovat kaksi yleisintä tyyppiä. Lisäksi fagosytoosi on eräänlainen endosytoosi. Molempien mekanismien aikana materiaalit otetaan vesikkeleihin. Näitä materiaaleja ovat solujätteet, entsyymit, kuolleet solut, taudinaiheuttajat, hormonit, ravinteet jne. Endosytoosin päinvastainen mekanismi on eksosytoosi, johon liittyy materiaalin poistaminen rakkuloihin suljetusta solusta.
