Tärkein ero DNA: n ja kromosomin välillä on niiden rakenteen organisointi. DNA on kaksisäikeinen kelattu polymeeri, joka koostuu deoksiribonukleotideista, kun taas kromosomi on lankankaltainen rakenne, joka koostuu DNA-molekyyleistä, jotka ovat tiukasti kelautuneet histoniproteiinien kanssa.
DNA ja kromosomit ovat geneettisen materiaalin rakenneorganisaatioiden kahta eri tasoa. DNA on yksinkertaisempi rakenne, joka koostuu nukleotidien kaksoiskierteestä. Sen sijaan kromosomit ovat monimutkaisia, järjestäytyneitä rakenteita, jotka koostuvat proteiinista ja DNA: sta, joka on taitettu tietyllä tavalla. Vaikka DNA ja kromosomi eroavat toisistaan rakenteiden organisoinnissa, molemmilla on tärkeä rooli organismin fyysisten ja toiminnallisten ominaisuuksien määrittämisessä varastoidun perinnöllisen materiaalin perusteella.