Tärkein ero lääkekemian ja farmaseuttisen kemian välillä on se, että lääkekemia käsittelee uusien kemiallisten yhdisteiden suunnittelua, optimointia ja kehittämistä niiden käyttämiseksi lääkkeinä, kun taas farmaseuttinen kemia käsittelee lääkkeiden tutkimusta ja niiden kehittämistä.
Sekä lääkekemia että farmaseuttinen kemia käsittelevät lääkkeitä tai lääkkeitä, joita käytämme erilaisten sairauksien hoitoon. Molemmilla aloilla keskustellaan huumeiden suunnittelusta ja kehittämisestä hyvin pienin eroin. Yksi tällainen ero on se, että lääkekemia tutkii paitsi lääkkeitä myös näiden lääkkeiden vaikutusmekanismeja kehossamme.
