Tärkein ero Pagetin taudin ja ekseeman välillä on, että Pagetin tauti on luun uudistumisen fokaalihäiriö ja ekseema on ihon tulehdustila, jolle on ominaista vesikulaaristen vaurioiden ryhmät, joilla on vaihteleva eritteiden määrä ja hilseily.
Pagetin tautia esiintyy tiettyjen geenien, kuten ydintekijä kappa B, sekvestosomi p62 ja osteoprotegeriini, mutaatioiden vuoksi. Toisaalta ekseemaa esiintyy yliherkkyysreaktioiden seurauksena, jotka kohdistuvat eri allergeeneihin. Tämä ero patogeneesissä on tärkein ero näiden kahden taudin välillä.
