Tärkein ero - Proteomiikka vs. transkriptiikka
Omis-tekniikka on nykyinen suuntaus, jossa organismin erilaisia biomolekyylejä tarkastellaan kokonaisuutena sen ominaisuuksien ja toimintojen suhteen. Omic-tekniikalla on laaja valikoima sovelluksia. Biologisen näytteen erilaiset omiikat sisältävät genomiikan, proteomiikan, transkriptoosi ja metabolomiikan. Proteomiikka käsittää kaikkien elävän organismin proteiinien täydellisen tutkimuksen. Se määritellään organismin kaikkien ekspressoitujen proteiinien joukoksi, sen rakenteellisiksi ja toiminnallisiksi ominaisuuksiksi. Siksi koko proteiinisarja muodostaa proteomin. Transkriptiikka on täydellinen tutkimus kaikista elävässä organismissa läsnä olevista lähettimen RNA (mRNA) -molekyyleistä. Täten transkriptoosi käsittelee geenejä, jotka ilmentyvät aktiivisesti elävässä organismissa. Elävän organismin mRNA-kokonaisjoukkoa kutsutaan transkriptoiksi. Tärkein ero proteomiikan ja transkriptiikan välillä perustuu biomolekyylin tyyppiin. Proteomiikassa tutkitaan ekspressoitujen proteiinien kokonaisjoukkoa elävässä organismissa, kun taas transkripto-oireissa tutkitaan elävän organismin kokonaismRNA: ta.
SISÄLLYS
1. Yleiskatsaus ja keskeinen ero
2. Mikä on proteomiikka
3. Mikä on transkriptoomiikka
4. Proteomiikan ja transkriptoosin yhtäläisyydet
5. Vertailu vierekkäin - Proteomiikka vs. transkriptiikka taulukkomuodossa
6. Yhteenveto
Mikä on proteomiikka?
Termi proteomiikka otettiin käyttöön vuonna 1995, ja se määriteltiin alun perin proteiinin täydellisenä komplementtina solussa, kudoksessa tai organismissa. Proteomi-tutkimusten edistyessä sitä muokattiin sitten pidettäväksi kattoterminä, johon sisältyi monia tutkimusaloja. Tällä hetkellä proteomiikan aihealueella tutkitaan proteiinien rakennetta, suuntautumista, toimintoja, vuorovaikutusta, modifikaatioita, sovelluksia ja proteiinien merkitystä. Siksi proteomiikan alalla tehdään tällä hetkellä paljon tutkimusta.
Ensimmäiset proteomiset tutkimukset tehtiin proteiinipitoisuuden tunnistamiseksi Escherichia colissa. Kokonaisproteiinipitoisuuden kartoitus tehtiin käyttämällä kaksiulotteisia (2D) geelejä. Tämän onnistumisen jälkeen tutkijat siirtyivät kuvaamaan proteiinien kokonaispitoisuutta eläimissä, kuten marsuissa ja hiirissä. Tällä hetkellä ihmisen proteiinikartoitus tehdään 2D-geelielektroforeesilla.
Proteomiikan sovellukset
Proteomiikan tutkimisessa on monia etuja, koska proteiinit ovat suurimman osan aktiivisuudesta hallitsevia molekyylejä proteiinien katalyyttisen ominaisuuden vuoksi. Siten kokoproteiinien tutkimus voi antaa tietoa organismin terveydentilasta. Jotkut sovellukset ovat;
- Genomimerkintä: Tutkimalla organismin proteiinipitoisuutta voidaan määrittää aktiivisesta proteiiniyhdisteestä vastaavat tarkat genomit. Tässä skenaariossa kaikki genomiikat johtavat transkriptomiikkaan ja proteomiikkaan.
- Taudin tunnistaminen / diagnoosi: Proteomiikkaa käytetään sairauden tunnistamiseen vertaamalla terveitä ja sairaita
- Kokeiden aikana tutkittu proteiini-ilmentyminen.
- Proteiinin modifikaatiot ja vuorovaikutustutkimukset: Jotta voidaan käyttää proteiineja in vitro -olosuhteissa tai in vivo -olosuhteissa, päättää näiden uutettujen proteiinien varastointiolosuhteet ja tutkia proteiinin käyttäytymistä in vitro, in vivo ja in-silico -menetelmissä.
Kuva 01: Proteomiikka
Proteomiikkaan liittyy erilaisia tekniikoita
- Koko proteiinin uuttaminen ja proteiinien erottaminen 2D-geelielektroforeesilla. Proteiinit voidaan erottaa myös käyttämällä korkean suorituskyvyn nestekromatografiaa (HPLC).
- Uutettujen proteiinien sekvensointi käyttämällä menetelmiä, kuten Edmundin sekvensointimenetelmä tai massaspektrometria.
- Kun sekvenssit on tunnistettu, proteiinipitoisuuden rakenteelliset ja toiminnalliset ominaisuudet analysoidaan tietokonepohjaisten ohjelmistojen ja bioinformatiikkatyökalujen avulla.
Mikä on transkriptomia?
Transkriptiotermi on luotu äskettäin. Transkriptomics on tutkimus organismin kokonais-mRNA-pitoisuudesta. Kokonais-mRNA on ekspressoitunut DNA elävässä organismissa tai solussa. MRNA: n täydellistä kokoelmaa kutsutaan transkriptioksi.
Vaiheet kohti transkription analysointia ovat
- RNA: n uuttaminen, mRNA: n erottaminen käyttämällä pylväsgeelikromatografiaa poly DT -helmillä.
- MRNA: n sekvensointi suoritetaan.
Microarray-tekniikka on yksi yleinen tapa tunnistaa organismin transkripti. Mikrosirutekniikkaan sisältyy koetinlevy, jossa on transkripto- min komplementaariset säikeet. Hybridisaation jälkeen organismissa tai soluissa oleva mRNA voidaan karakterisoida.
Kuva 02: Transkriptoottiset tekniikat
Transkriptomiaa käytetään nyt laajalti lääketieteen alalla. Taudidiagnostiikka ja sairauksien profilointi ovat pääalueita, joilla transkriptoomia käytetään. Analysoimalla organismin transkriptiota, voidaan tunnistaa vieras mRNA, ja jos on infektioita, se voidaan tunnistaa. Ei-koodaava RNA voidaan erottaa käyttämällä transkriptoottisia tekniikoita. Ja myös geenien ilmentymistä eri ympäristökuormituksissa voidaan seurata.
Mitkä ovat proteomiikan ja transkriptiikan yhtäläisyydet?
- Molemmat ovat osa omistisen tekniikan käsitettä.
- Molempia käytetään taudin diagnostiikassa ja organismin sairauksien karakterisoinnissa.
- Molemmat tutkimusalueet käsittivät biomolekyylin uuttamisen, biomolekyylin erottamisen ja sekvensointivaiheet.
Mikä on ero proteomiikan ja transkriptiikan välillä?
Erilainen artikkeli keskellä taulukkoa
Protemics vs Transcriptomics |
|
| Proteomiikka käsittää kaikkien elävän organismin proteiinien täydellisen tutkimuksen. | Transkriptiikka on täydellinen tutkimus kaikista elävässä organismissa läsnä olevista lähettimen RNA (mRNA) -molekyyleistä. |
| Tutkittiin biomolekyylityyppiä | |
| Proteiineja tutkitaan proteomiikassa. | mRNA: ta tutkitaan transkriptomiassa. |
| Tutkittuja tekijöitä | |
| Proteiinien rakennetta, toimintaa, vuorovaikutuksia, modifikaatioita ja sovelluksia tutkitaan proteomiikassa. | Sekvenssirakennetta, vuorovaikutuksia ympäristön kanssa ja mRNA: n sovelluksia tutkitaan transkriptiikassa. |
Yhteenveto - Proteomiikka vs. transkriptointi
Omicsilla on tärkeä rooli biotieteiden alalla. Proteomiikka viittaa proteomin tutkimiseen, joka muodostaa täydelliset proteiinikokoelmat solussa tai organismissa. Transkriptiikka viittaa transkriptiotutkimukseen, joka on mRNA: n muodossa olevan ekspressoidun DNA: n täydellinen joukko. Kaksi tutkimusaluetta, proteomiikka ja transkriptomiikka, on johdettu genomiikan käyttöönoton jälkeen ja niitä käytetään nykyään laajalti lääketieteellisessä diagnostiikassa sekä organismien karakterisoinnissa ja seulonnassa. Tämä on ero proteomiikan ja transkriptiikan välillä.
Lataa PDF Proteomics vs Transcriptomics -sivulta
Voit ladata tämän artikkelin PDF-version ja käyttää sitä offline-tarkoituksiin lainausviestin mukaan. Lataa PDF-versio täältä: Ero proteomiikan ja transkriptiikan välillä
