Tärkein ero eksencefalian ja anencefalian välillä on se, että eksencefalia on kefaalihäiriö, jossa aivokudokset sijaitsevat kallon ulkopuolella kallonontelon ja päänahan puuttuessa. Sillä välin anenkefalia on kefaalihäiriö, jolle on ominaista, että suurinta osaa aivoista, kallosta ja päänahasta ei ole, koska rostralinen neuropore ei sulkeudu.
Synnynnäisiä häiriöitä syntyy raskauden aikana esiintyvistä hermovioista. Ne aiheuttavat suuren kuolleisuuden, mikä tekee tilasta kohtalokkaan. Eksencefalia ja anencefalia ovat kaksi tällaista synnynnäistä häiriötä samoin kuin kefaalihäiriöt, joita havaitaan vauvoilla. Eksencefaliassa aivot sijaitsevat kallon ulkopuolella. Anenkefaliassa suurin osa aivoista, kallosta ja päänahasta puuttuu. Exencephaliaa pidetään anencephalian embryologisena esiasteena. Eksencefalia on kuitenkin erittäin harvinainen sairaus verrattuna anenkefaliaan.
