Keskeinen ero gametofyyttisen ja sporofyyttisen itsensä yhteensopimattomuuden välillä on se, että gametofyyttisessä itsesoveltumattomuusjärjestelmässä siitepölyn fenotyyppi määräytyy sen gametofyyttisen haploidisen genotyypin mukaan, kun taas sporofyyttisessä itsensä yhteensopimattomuudessa siitepölyfenotyyppi määräytyy kasvin diploidisen genotyypin mukaan.
Itsensä yhteensopimattomuus on pölytyksen torjuntamekanismi kasveissa. Se estää ensisijaisesti itsepölytyksen ja panee täytäntöön ristipölytyksen, mikä on evoluutiolta edullista. Itsensä yhteensopimattomuus tapahtuu negatiivisen kemiallisen vuorovaikutuksen seurauksena siitepölyn ja tyylikudoksen välillä samassa alleelissa. Vaikka siitepöly ja emi ovat elinkelpoisia ja hedelmällisiä, siitepölyä ei itää näissä kasveissa. Kun siitepölyn itämistä ei tapahdu, siitepölyputki ei voi muodostua. Tällöin siitepöly ei tuota urospuolisia sukusoluja naispuolisiin sukusoluihin hedelmöitystä varten. Tämän seurauksena he eivät voi tuottaa siemeniä.
On olemassa kaksi suurta itsesoveltumattomuusjärjestelmää, kuten gametofyyttinen itsensä yhteensopimattomuus ja sporofyyttinen itsensä yhteensopimattomuus. Ne ovat yhden paikan itsensä kanssa yhteensopimattomia järjestelmiä, jotka perustuvat yhteen monialleeliseen lokukseen (S). Tämä lokus koostuu yhdestä S-geeniä ilmentävästä emiestä ja yhdestä S-geeniä ilmentävästä siitepölystä.
