Keskeinen ero alukkeen ja promoottorin välillä on se, että aluke on kaupallisesti syntetisoitu lyhyt DNA-sekvenssi, jota käytetään PCR: ssä kohde-DNA-sekvenssin monistamiseen, kun taas promoottori on spesifinen DNA-sekvenssi, joka tarjoaa turvallisen alkusitoutumiskohdan RNA-polymeraasille ja transkriptiotekijöille transkription aloittamiseksi.
Aluke ja promoottori ovat kahden tyyppisiä DNA-sekvenssejä. Alusta on pieni DNA-fragmentti, jota tarvitaan polymeraasiketjureaktioon (PCR). Siinä on lyhyitä nukleotidisekvenssejä, jotka ovat komplementaarisia DNA-juosteen reunustavan pään kanssa. Alukkeita on kahden tyyppisiä, ja ne toimivat lähtökohtina uusien DNA-juosteiden synteesille. Sitä vastoin promoottori on spesifinen DNA-sekvenssi, joka sijaitsee ylävirtaan geenin transkription aloituskohtaan. Se on suoraan vuorovaikutuksessa transkriptiomekanismin komponenttien, kuten RNA-polymeraasin, kanssa ja transkriptiotekijöiden kanssa DNA-transkription hallitsemiseksi. Siksi RNA-polymeraasi ja muut transkriptiotekijät sitoutuvat promoottorisekvenssiin ja aloittavat transkription.
