Keskeinen ero UTR: n ja intronin välillä on se, että UTR on ei-koodaava nukleotidisekvenssi, joka sisältyy kypsään mRNA-sekvenssiin, kun taas introni on sekvenssi, joka ei sisälly kypsään mRNA-molekyyliin.
UTR tai kääntämätön alue on ei-koodaava sekvenssi, joka löytyy mRNA-molekyylistä. MRNA-sekvenssin kummallakin puolella voimme nähdä yhden UTR: n. Siksi on olemassa kaksi UTR: ää 5'UTR ja 3'UTR. Sitä vastoin introni on koodaamaton sekvenssi, joka löytyy geenin eksonien välistä. Intronit silmukoituvat pois, kun tehdään mRNA. Siksi introneja ei näy mRNA-sekvenssissä. Sekä UTR että introni ovat kuitenkin tärkeitä eukaryoottisten genomien elementtejä.
