Tärkein ero DNA-rokotteen ja rekombinanttirokotteen välillä perustuu rokotteiden valmistamiseen. DNA-rokotteen valmistus tapahtuu käyttämällä haluttuja geenejä tai DNA-fragmentteja, kun taas rekombinanttirokotteen valmistus tapahtuu käyttämällä rekombinanttimolekyyliä tai vektoria, joka sisältää halutun geenifragmentin.
Rokotuksia voidaan käyttää ennaltaehkäisevinä hoitomenetelminä sekä terapeuttisina aineina infektioita vastaan. Rokotuksia on monia. DNA ja rekombinanttirokotteet ovat uusimpia muotoja. Lisäksi näitä rokotteita tutkitaan edelleen.