Tärkein ero bakteerien ja nilviäisten välillä on, että bakteereilla on yleensä peptidoglykaanisoluseinä, kun taas nilviäisillä on bakteeriluokka, jolla ei ole soluseinää.
Bakteerit ovat yleisimpiä luonnossa esiintyviä mikro-organismeja. Ne ovat joukko yksisoluisia organismeja, jotka elävät kaikkialla. Lisäksi ne ovat prokaryoottisia organismeja. Siksi heiltä puuttuu ydin ja membraaniin sitoutuneet organellit. Bakteereja on erilaisia. Jotkut heistä kuuluvat syanobakteereiksi kutsuttuun fotosynteettiseen bakteeriryhmään. Yleensä useimmilla bakteereilla on jäykkä soluseinä. Joillakin bakteeriryhmillä ei kuitenkaan ole tätä soluseinää. Nilviäiset ovat sellainen bakteeriluokka, josta puuttuu soluseinä. Siksi tässä artikkelissa käsitellään bakteerien ja nilviäisten eroa.