Keskeinen ero DNA-sekvenssimutaatioiden ja epigeneettisten modifikaatioiden välillä on, että DNA-sekvenssimutaatioiden aikana muutoksia tapahtuu alkuperäisissä DNA-sekvensseissä, kun taas epigeneettisten modifikaatioiden aikana muutoksia ei tapahdu alkuperäisissä DNA-sekvensseissä.
Genomi edustaa organismin yleistä geneettistä tietoa tarkkojen DNA-sekvenssien tai geenien muodossa. Tietty geeni sisältää tietyn geneettisen koodin spesifisen proteiinin tuottamiseksi. Siksi geenit ilmentyvät kahden prosessin kautta: transkriptio ja translaatio. Eri syistä johtuen geenien DNA-sekvensseissä tapahtuu kuitenkin muutoksia. Kutsumme tällaisia muutoksia nukleotidisekvensseissä mutaatioiksi. Joskus, jopa muuttamatta geenien alkuperäisiä DNA-sekvenssejä, geeniekspressio muuttuu ja tuottaa erilaisia fenotyyppejä. Kutsumme näitä tapauksia epigeneettisiksi modifikaatioiksi.
