Keskeinen ero maltoosin ja isomaltoosin välillä on se, että maltoosissa on kaksi glukoosiyksikköä, jotka on liitetty toisiinsa alfa 1-4 -sidoksen kautta, kun taas isomaltoosissa on kaksi glukoosiyksikköä, jotka on liitetty toisiinsa alfa 1-6 -sidoksen kautta.
Maltoosi on disakkaridi. Se tarkoittaa, että sillä on kaksi sokeriyksikköä liitetty toisiinsa. Maltoosin ja isomaltoosin tapauksessa sokeriyksikkö on glukoosimolekyyli. Siksi nämä kaksi disakkaridimuotoa eroavat toisistaan kahden glukoosiyksikön kemiallisen sitoutumisen mukaan. Molemmat sokerimuodot ovat kuitenkin pelkistäviä sokereita.
