Keskeinen ero endopeptidaasin ja eksopeptidaasin välillä on se, että endopeptidaasi rikkoo peptidisidoksia proteiinimolekyylien sisällä, kun taas eksopeptidaasi katkaisee peptidisidokset proteiinimolekyylien päissä.
Proteiinit ovat tärkeitä makromolekyylejä, jotka ovat välttämättömiä suurimmaksi osaksi kaikissa organismeissa esiintyvistä biokemiallisista reaktioista. Eri aminohapot liittyvät yhteen ja muodostavat nämä proteiinit. Lisäksi entsyymit katalysoivat proteiinien hydrolyysin takaisin aminohapoiksi. Ne ovat spesifisiä entsyymejä, joita kutsutaan proteaaseiksi tai peptidaaseiksi. Siksi heillä on kyky hajottaa proteiinien peptidiketjut aminohapoiksi. Lisäksi peptidaasit voivat olla endopeptidaaseja tai eksopeptidaaseja.
