Keskeinen ero vapaan kloorin ja kokonaiskloorin välillä on, että vapaa kloori on kloorin määrä, joka voi inaktivoida vedessä olevat patogeeniset mikro-organismit, kun taas kokonaiskloori on yhdistetyn kloorin ja vapaan kloorin summa. Vapaan kloorin arvo on aina pienempi kuin kokonaiskloorin arvo.
Yhdistetty kloori on kloorin määrä, joka reagoi vedessä olevien typpeä sisältävien yhdisteiden kanssa. Siksi tätä klooria ei ole saatavana veden desinfiointiprosessiin. Tämä tarkoittaa, että termi kokonaiskloori antaa kokonaismäärän klooria, joka on käytettävissä ja jota ei ole käytettävissä patogeenisten (sairauksia aiheuttavien) mikro-organismien inaktivoimiseksi vedessä.
