Keskeinen ero bakteerien endosporien ja sieni-itiöiden välillä on kahden tyyppisten itiöiden solujärjestely. Bakteerien endosporit ovat lepotilassa olevia rakenteita, joita esiintyy prokaryoottisissa bakteereissa. Sieni-itiöt ovat lisääntymisrakenteita, joita esiintyy eukaryoottisissa sienissä.
Bakteerisoluja on bakteerisoluissa, ja ne ovat lepotilassa olevia rakenteita, jotka voivat selviytyä vaikeista ympäristöolosuhteista. Näin ollen nämä endosporit itävät, kun sopivat ympäristöolosuhteet täyttyvät. Sen sijaan sieni-itiöt ovat eksosporioita, jotka vapautuvat ulospäin itiöitä varten.
