Keskeinen ero alloantivasta-aineen ja auto-vasta-aineen välillä on, että alloantivasta on vasta-aine, jota tuotetaan alloantigeenejä vastaan, jotka ovat vieraita antigeenejä, jotka on viety verensiirron tai raskauden aikana. Samaan aikaan auto-vasta-aine on vasta-aine, joka reagoi itseantigeenien kanssa.
Vasta-aineita tuotetaan immuunivasteen seurauksena. Ne voivat heijastaa immuunivasteen läsnäoloa, luonnetta ja voimakkuutta. Immuunijärjestelmän tulisi pystyä tunnistamaan itseantigeenit ja vieraat antigeenit erikseen. Se on kriittinen sen toiminnalle. Immuunijärjestelmän B-solut tuottavat vasta-aineita antigeenejä vastaan. Alloantit ja vasta-aineet ovat kahden tyyppisiä vasta-aineita. Alloivasta-aineita syntyy johtuen alloantigeenien kulkeutumisesta elimistöön verensiirron tai raskauden aikana. Sitä vastoin auto-vasta-aineet ovat vasta-aineita, jotka reagoivat itse-antigeenien kanssa. Auto-vasta-aineiden reaktio itseantigeenien kanssa on vastuussa kudosten ja elinten tulehduksesta, vaurioista ja toimintahäiriöistä, mikä johtaa autoimmuunisairauksien oireisiin.
