Tärkein ero Prototheria Metatherian ja Eutherian välillä on se, että Prototheria viittaa muniviin nisäkkäisiin, kun taas Metatheria viittaa pussieläimiin, jotka synnyttävät osittain kehittyneitä nuoria, ja Eutheria viittaa istukan nisäkkäisiin, jotka synnyttävät hyvin kehittyneitä nuoria.
Lisääntymisjärjestelmien suurten vaihtelujen perusteella nisäkkäät voidaan luokitella kolmeen alaluokkaan: Prototheria, Metatheria ja Eutheria. Prototheria sisältää primitiivisimmät nisäkkäät, jotka ovat munivia nisäkkäitä, erityisesti monotreemoja. Metatheria sisältää pussieläimiä, kun taas Eutheria sisältää todelliset istukan nisäkkäät. Itse asiassa Eutheria on suurin nisäkkäiden alaluokka.
