Keskeinen ero yhdisteen ja isomeerin välillä on se, että se viittaa kemiallisiin yhdisteisiin, joilla on samanlaiset rakenteet ja samanlaiset ominaisuudet. Samaan aikaan isomeeri viittaa molekyyleihin, joilla on sama kemiallinen kaava, mutta erilaiset rakenteet.
Termit kongeneri ja isomeeri viittaavat yhdisteiden ryhmiin, jotka on ryhmitelty niiden samankaltaisuuden mukaan. Termillä kongeneri voi olla erilaisia määritelmiä, mutta kemiassa käytämme enimmäkseen määritelmää, jonka mukaan valtioiden kongeneraalit ovat kemiallisia yhdisteitä, joilla on samanlaiset rakenteet ja samanlaiset ominaisuudet. Isomeerit ovat toisaalta yhdisteitä, joilla on erilaiset rakenteet, mutta samanlainen atomikoostumus; näin ollen niillä on myös erilaisia ominaisuuksia.
